O koronawirusie 2019-nCoV wiemy już bardzo dużo

O koronawirusie 2019-nCoV wiemy już bardzo dużo, biorąc pod uwagę, że od pierwszego przypadku zachorowania upłynęły tylko dwa miesiące. Znamy pełną sekwencję genetyczną wirusa. Udało się też wyhodować go poza ustrojem człowieka, czyli wyizolować – powiedział PAP Rafał Gierczyński z NIZP-PZH. Jak diagnozujemy wirusa i jak z nim walczyć? Prezentujemy wywiad z ekspertem.

Zastępca dyrektora ds. bezpieczeństwa epidemiologicznego i środowiskowego Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego-Państwowego Zakładu Higieny zaznaczył w rozmowie z PAP, że w diagnostyce wyniki badań zależą w dużej mierze od materiału pobranego do analizy. Na razie u pacjentów z podejrzeniem zakażenia koronawirusem pobiera się próbkę i wykonuje test molekularny. Laboratorium podaje pierwszy wyniki w ciągu 24-48 godzin, jeśli nie wykryto obecności wirusa pobiera się kolejną próbkę i powtarza badanie.

PAP: Jak wygląda diagnostyka pacjentów z podejrzeniem zakażenia koronawirusem? Na czym polega badanie? Jaki materiał poddaje się analizie w laboratorium?

Rafał Gierczyński: Materiał badań jest adekwatny do stanu klinicznego pacjenta, a jego rodzaj wpływa na uzyskane wyniki analityczne. Dlatego u osób, które nie mają objawów choroby, materiał, który najczęściej dostajemy, to wymaz z nosogardzieli. Trzeba jednak zaznaczyć, że taki materiał bywa trudny do wykrycia wirusa, bo w górnych drogach oddechowych mamy bogatą florę mikroorganizmów. Natomiast pewnym materiałem do badań jest ten pobrany z dolnych dróg oddechowych tzw. bronchaspirat i popłuczyny pęcherzykowo-oskrzelowe (BAL). Jednak taki materiał pobiera się u osób w złym stanie klinicznym.

Czyli nie u pacjentów, którzy powrócili z Wuhan w niedzielę i trafili na obserwację do szpitala we Wrocławiu? U nich żadne niepokojące objawy nie występowały?

W badaniach, z którymi teraz mieliśmy do czynienia, materiał pochodził z wymazu z nosogardzieli, bo jak wspomniałem, to był ten przypadek, gdzie stan badanych osób nie wskazywał na chorobę.

A jak wygląda diagnostyka krok po kroku?

Jeśli zaś chodzi o to, jak technicznie wygląda badanie, to próbkę otrzymujemy z opisem. Jest ona przesyłana do nas transportem medycznym z oddziału zakaźnego. To są pudełka szczelnie zamknięte, kilkuwarstwowe. Podkreślam też, że w laboratorium wykonujemy wyłącznie badania, o których zleceniu poinformowana została Państwowa Inspekcja Sanitarna. Zaznaczę tylko, że nie przyjmujemy badań od osób prywatnych, klinik, szpitali bez uzgodnienia z sanepidem. Wyjątek stanowią pacjenci szpitali zakaźnych i oddziałów zakaźnych.

Są oni zabezpieczeni, tak jakby pracowali z dżumą, wirusem Eboli, wąglikiem. To nasza standardowa procedura.

Wracając jednak do głównego wątku dodam, że próbka następnie trafia do laboratorium zapewniającego trzeci stopnień hermetyczności (BSL-3), które mamy w instytucie. Tutaj pracują trzy osoby – operator, pomocnik operatora i obserwator. Są oni zabezpieczeni, tak jakby pracowali z dżumą, wirusem Eboli, wąglikiem. To nasza standardowa procedura. Po otwarciu próbek zaczyna się procedurę izolacji kwasu nukleinowego wirusa, w tym przypadku jest to RNA. Na samym początku dochodzi do inaktywacji wirusa, czyli dodajemy odczynniki, by fizycznie zniszczyć samego wirusa, ale pozostawić jego kwas nukleinowy. W tym momencie wirus nie jest kompletny i nie ma już skuteczności zakaźnej. Dalsze etapy badania są już wykonywane w laboratorium BSL-2, z podwyższoną ochroną osobistą. To jest czasochłonny proces.

(…) pracują jedynie bardzo doświadczeni pracownicy o wzorowej kondycji psychofizycznej i odporności na stres wynikły ze świadomości, że trzymają w rękach bardzo niebezpieczny materiał biologiczny. Do wspomnianych trzech godzin trzeba dodać po 40 min. na ubranie się przed wejściem i procedurę zdjęcia kombinezonów przy wychodzeniu z BSL-3.

Ile taki proces w takim razie trwa od momentu, gdy dochodzi do rozpakowania materiału i wyizolowania RNA?

Średnio czas pracy w laboratorium BSL-3 wynosi trzy godziny ze względu na trudne warunki pracy. Cały czas w pomieszczeniu utrzymywane jest podciśnienie, powietrze podlega częstej wymianie i oczyszczaniu przez filtry HEPA, co powoduje wysychanie skóry i suchość w gardle, a ze względu na kombinezony ochronne, gogle, maski oddechowe odczuwa się gorąco, skóra się poci i szybko wysycha, co powoduje szybką utratę płynów i odczucie pragnienia. Pracujące w takich warunkach osoby szybko stają się bardzo zmęczone. Dlatego w BSL-3 nie pracuje się dłużej niż trzy godziny, a maksymalnie cztery godziny pracują jedynie bardzo doświadczeni pracownicy o wzorowej kondycji psychofizycznej i odporności na stres wynikły ze świadomości, że trzymają w rękach bardzo niebezpieczny materiał biologiczny. Do wspomnianych trzech godzin trzeba dodać po 40 min. na ubranie się przed wejściem i procedurę zdjęcia kombinezonów przy wychodzeniu z BSL-3.

Co już wiemy o wirusie z Wuhan? Jak jest zbudowany?

Ma około 30 tys. par zasad, czyli jednostek kodu genetycznego, z których zbudowany jest RNA, czyli znanych nam z lekcji biologii literek A, U, G, C. Wirus posiada potencjalnych 12 jednostek translacyjnych, geny strukturalne i niestrukturalne. W naszych badaniach akurat celujemy w jeden z najstabilniejszych odcinków tego wirusa, czyli w gen nukleokapsydu (N) oraz w gen otoczki (E). Dzięki postępowi nauki możemy obecnie szybko sekwencjonować kwasy nukleinowe, czyli określić pełną informację genetyczną wirusa, nawet bez uprzedniego wyizolowania wirusa. Upraszczając możemy powiedzieć, że możemy te wszystkie 30 tys. literek określić zanim uda nam się wirusa wyhodować. Izolacja wirusa, czyli namnożenie go w linii komórkowej poza ustrojem człowieka, udała się już Australijczykom i Włochom.

Jeśli chodzi o samą charakterystykę wirusa z Wuhan, to jest to betakoronawirus z linii rozwojowej B, w której znajduje się też wirus SARS, który kilkanaście lat temu wywołał groźną epidemię i spowodował zgon blisko 800 osób. Do niego wirus z Wuhan jest podobny pod względem budowy. Obecnie naukowcy uważają, że może on być pochodną odmiany wirusa SARS występującej u nietoperzy, choć to wciąż wstępna faza badań.

Myślę, że jako społeczność światowa jesteśmy przygotowani na możliwość szybkiej identyfikacji osób zakażonych i ograniczania szerzenia się zachorowań

Można powiedzieć, że sporo już o tym wirusie wiemy, biorąc pod uwagę fakt, że pierwszy potwierdzony przypadek zachorowania mieliśmy na początku grudnia 2019 roku.

Mając na uwadze, że od pierwszego zachorowania upłynęły zaledwie dwa miesiące, to trzeba uznać, że tempo szerzenia się wirusa, ale też postępu wiedzy o jego epidemiologii i technologii wykrywania jest bardzo duże. Myślę, że jako społeczność światowa jesteśmy przygotowani na możliwość szybkiej identyfikacji osób zakażonych i ograniczania szerzenia się zachorowań, a potem opracowania szczepionki albo znalezienia leku.

Jak walczyć z wirusem?

Na razie największym orężem jest izolacja osób chorych i niedopuszczenie do fizycznego szerzenia się wirusa.

Źródło: naukawpolsce.pap.pl/tor/ krap/